ولم تنفصل المدارس عن المساجد إلا بعد ذلك بعهد طويل، وذلك عندما أُنْشِئَت المدرسة (النظامية) في بغداد، ومع ذلك فقد استمرَّت البرامج الدراسية قائمة على أساس (الوحدة ثنائية القطب) ...

وقد نَتَجَ عن التحام المسجد والمدرسة ظاهرة لا تُعْرَفُ إلا في إطار الثقافة الإسلامية، وهي ما يُمْكِنُ أن يُطْلَقَ عليه (المسجدرسة) وهو بناء فريد يَجْمعُ بين وظيفتي المسجد والمدرسة معًا، ولا يوجد له تسمية موازية في اللغات الأوربية، ويوجد دليل تاريخي على أن المسجد الأول الذي بَنَاه النبي @ بنفسه كان مدرسة في نَفْسِ الوقت وكان يُسَمَّى مسجد (الصُّفًّة).

هذا البناء المتميز هو المعادل المادِّيّ أو التِّقَنيّ لتلك المُسَلَّمة الإسلامية لوحدة الدين والعلم التي بَدَأَ بها نزول القرآن نفسه: ﴿اقرأ باسم ربك الذي خلق .. ﴾

وقد انعكس المفهوم نفسُه في جميع البرامج التي قَدَّمَتْها هذه المدارس، وكانت المدرسة النظامية في بغداد لزمن طويل نموذجًا للمدرسة الإسلامية في كل مكان. ورأى الأوربيون أن هذه المدرسة تعتبر مدرسة دينية عُلْيا، ولكن الحقيقة أنَّ برامج هذه المدرسة - إلى جانب اشتمالها على علوم الدين من تفسير وحديث وأخلاق وعقائد - كانت تُعْنَى على المستوى ذاته بالقانون (الفقه) والفلسفة والآداب والرياضيات والفلك والطب كجزء لا يَتَجَزَّأُ من برامجها، وكانت (النظامية) نموذجًا يُحْتَذَى لكثير من المدارس المماثلة، وأصبحت أكثر الأنماط شيوعًا في جميع المدن الإسلامية الكبرى.

ولذلك لا يُمْكِنُ تصنيف المدارس في العالم الإسلامي وفْقًا للمعايير الأوربية، التي تُقَسِّمُ المدارس إلى مدنية ودينية، فهذا النوع من المدارس اعتبرها المسلمون جميعًا أمرًا طبيعيًا؛ لأنها انبثقت مباشرة من الروح الإسلامية وظلَّ الموقف سائدًا إلى الوقت الحاضر، وحيثما وُجِدَ اختلاف فمرجعه إلى التأثير الأجنبي.

الوضع الأصليّ للمدرسة يتوازى مع المفهوم الإسلامي الأساسي الذي يُوَحِّدُ بين الدين والعلم. فأزهر القاهرة هو أكبر وأقدم مدرسة (أُنْشِئ عام 972 م) ويشار إليه دائمًا كجامع وجامعة، ولم يقتصر التعليم في الأزهر على علوم الدين فقط إلا في أحلك فترات التدهور ..