بمعنى ما به الشيء هو، وتحقيق هذا التعريف سبق في لفظ الحقيقة، وبين المعنيين عموم من وجه لتحقق الأول فقط في الجنس بالقياس إلى النوع والثاني فقط في الماهيات الجزئية كالشخص، وكذا الحال في الصنف أيضا واجتماعهما في الماهية النوعية بالقياس إلى النوع والماهية بالمعنى الثاني لا يكون إلا نفس الشيء. اعلم إن كان لها ثبوت وتحقق مع قطع النظر عن اعتبار العقل يسمى ماهية حقيقية أي ثابتة في نفسه الأمر وإن لم تكن كذلك تسمى ماهية اعتبارية أي كائنة بحسب اعتبار العقل فقط، كما إذا اعتبر الواضع عدة أمور فوضع بإزائها اسما. واعلم أيضا أن الماهية والحقيقة والذات قد تطلق على سبيل الترادف، والحقيقة والذات تطلقان غالبا على الماهية مع اعتبار الوجود الخارجي، كلية كانت أو جزئية، والجزئية تسمى هوية. وأما إطلاقهما على الحقيقة كلية كانت أو جزئية على سبيل الترادف كما مر فبناء على تفسيرها بما به الشيء هو هو. قال مرزا زاهد في حاشية شرح المواقف:
وللماهية معنى آخر يفهم من كلام الشيخ في إلهيات الشفاء حيث قال: كل بسيط فإن ماهيته ذاته لأنه ليس هناك شيء قابل لماهيته وصورته أيضا ذاته، لأنه لا تركيب فيه. وأما المركبات فلا صورتها ذاتها ولا ذاتها ماهيتها. أما الصورة فظاهر أنها جزء منها. وأما الماهية فهي ما به هي هي وإنما ما هي هي بكون الصورة مقارنة للمادة وهو أزيد من معنى الصورة والمركب ليس هذا المعنى أيضا، بل هو مجموع الصورة والمادة. قال هذا ما هو المركب والماهية هذا التركيب الجامع للصورة والمادة والوحدة الحادثة منهما لهذا الواحد انتهى.
واعلم أيضا أن الماهية والذات والحقيقة معقولات ثانية لأنها عوارض تلحق المعقولات الأولى من حيث هي في العقل، ولم يوجد في الأعيان ما يطابقها، مثلا المعقول من الحيوان الإنسان ويعرض له أنه ماهية وليس في الأعيان شيء هو ماهية بل في الأعيان فرس أو إنسان وهي أي الماهية مغايرة لجميع ما عداها من العوارض اللاحقة لازمة كانت أو مفارقة، وأما كونها ماهية فبذاتها فإن الانسان إنسان بذاته لا بشيء آخر ينضم إليه، والإنسان واحد لا بذاته بل بضم صفة الوحدة إليه، فالإنسان من حيث هو هو من غير التفات إلى أن يقارنه شيء أو لا، بل يلتفت إلى مفهومه من حيث هو هو يسمى المطلق والماهية بلا شرط، وإن أخذ مع المشخصات واللواحق يسمى مخلوطا والماهية بشرط شيء وهما موجودان في الخارج، وإن أخذ بشرط العراء عن المشخصات واللواحق يسمى الماهية المجردة وبشرط لا شيء وذلك غير موجود في الخارج، وقيل توجد في الذهن عند القائل بالوجود الذهني، وقيل لا لأن وجودها في الذهن من العوارض واللواحق فلا تكون مجردة عن جميعها، وقيل توجد لأن الذهن يمكنه تصور كل شيء حتى عدم نفسه ولا حجر في التصورات أصلا، فلا يمتنع أن يعقل الذهن الماهية المجردة. وقيل إن شرط تجردها عن الأمور الخارجية وجدت في الذهن وإن شرط تجردها مطلقا فلا وفيه نظر، فإن كون الشيء موجودا في الذهن ليس من العوارض الذهنية إذ هي ما جعله الذهن قيدا فيه أي في الشيء بأن يعتبر الذهن لذلك الشيء عارضا له، ويلاحظ فيه. وهذا الذي فرضناه موجودا في الذهن عرض له في نفس الأمر كونه في الذهن من غير أن يعتبره عارضا له ويلاحظ فيه.
اعلم أن هذا ليس تقسيما للماهية إلى الأقسام الثلاثة حتى يلزم تقسيم الشيء إلى نفسه وإلى غيره لأن الماهية المطلقة عين المقسم، بل بيان اعتبارات الماهية بالقياس إلى العوارض وهو الظاهر من عبارات القوم. وفي شرح