فأول هذه الملاحظات: اتفاق هذه النسخ على أن سورة المائدة ليست موجودة في التفسير عدا عن القطعة التي وجدت في نسختي عاطف أفندي (ع) ويني جامع (ي)، وقد تم التأكيد على ذلك في النسخ الأخرى: فقد جاء في هامش (ح) عند تفسير ﴿وَلْيَأْخُذُوا حِذْرَهُمْ وَأَسْلِحَتَهُمْ﴾ [النساء: ١٠٢] من سورة النساء العبارة التالية: (لم يفسر ابن كمال هذا أواخر سورة النساء ولا جميع سورة المائدة بل هذا القدر هو الذي وجد في نسخ المصنف رحمه الله. لكنها استمرت بعد ذلك حتى سورة الأنعام، مع غياب سورة المائدة بكاملها.
وجاء في نهاية الآية (١٧٠) من النساء في هامش (م): "انتهى ما وجد من سورة النساء كما هو في أصله المنقول منه، ويتلوه سورة الأنعام كما هو في أصله أيضًا ".
وفي نفس الموضع في هامش (ك): "آخر النساء وسورة المائدة ساقط من الأصل ".
وأما الملاحظة الثانية: فهي اتفاق النسخ كذلك على انتهاء التفسير عند نهاية سورة الصافات، وقد جاء في هذا الموضع في خاتمة النسخة (ف): "تم الكتاب بعون الملك الوهاب في صبيحة الاثنين العاشر من شهر شوال من شهور سنة اثنين وتسعين وتسع مئة، أحسن الله ختامها بمحمد وآله وصحبه ".
وجاء في خاتمة النسخة (ع): "والمشهور في تفسير المرحوم لابن كمال الوزير تحريره إلى هنا ".
لكن جاء في النسخ في درج الكلام في هذا الكتاب ما يناقض