وأخذ في أمره مع أبيه وإخوته، وفتنة ابن مردنيش «1» مضطربة؛ فقال له أخوه محمد وأبوه: إن حركنا حركة كنا سببا لهلاك هذا البيت، ما بقيت دولة هؤلاء القوم، والصبر عاقبته حميدة، وقد كنا ننهاك عن الممارجة «2» ، فلم تركب إلا هواك؛ وأخذ مع أخيه عبد الرحمن، واتفقا على أن يثورا في القلعة باسم ابن مردنيش، وساعدهما قريبهما على ذلك حاتم بن حاتم بن سعيد، وخاطبوا ابن مردنيش، وصدر لهم جوابه بالمبادرة، ووصلت منه خيل ضاربة، وتهيأ لدخول القلعة؛ وتهيأ الحصول في القلعة، وخافوا من ظهور الأمر؛ فبادر حاتم وعبد الرحمن إلى القلعة، وتم لهما المراد؛ وأخر الجبن أبا جعفر ففاتاه، وتوقع الطلب في الطريق إلى القلعة، فصار متخفيا إلى مالقة، ليركب منها البحر إلى جهة ابن مردنيش؛ ووضع السيد عليه العيون في كل جهة، فقبض عليه بمالقة، وطولع بأمره فأمر بقتله صبرا، رحمه الله.
جزالته وصبره: قال أبو الحسن بن سعيد: حدثني الحسين بن دويرة، قال:
كنت بمالقة لما قبض على أبي جعفر، وتوصلت إلى الاجتماع به، ريثما استؤذن السيد في أمره حين حبس، فدمعت عيني لما رأيته مكبولا؛ قال: أعلي تبكي بعد ما بلغت من الدنيا أطايب لذاتها؟ فأكلت صدور الدجاج، وشربت في الزجاج، وركبت كل هملاج «3» ، ونمت في الديباج، وتمتعت بالسراري والأزواج، واستعملت من الشمع السراج الوهاج، وهأنا في يد الحجاج، منتظرا محنة الحلاج؛ قادم على غافر، لا يحوج إلى اعتذار ولا احتجاج. فقلت: ألا أبكي على من ينطق بمثل هذا؟ ثم تفقد، فقمت عنه، فما رأيته إلا مصلوبا، رحمه الله.
شعره «4» : [الطويل]
أتاني كتاب منك يحسده الدهر أما حبره ليل، أما طرسه فجر؟
به جمع الله الأماني لناظري وسمعي وفكري فهو سحر ولا سحر
ولا غرو أن أبدى العجائب ربه وفي ثوبه بر، وفي كفه بحر
ولا عجب إن أينع الزهر طيه فما زال صوب القطر يبدو به الزهر