وقد بلغت نصوص هذا الكتاب(484) نصًا مسندًا لم يرتبها على نحو ما , فوجد القاضي أبو طالب أنه من العسر على المستفيد من الكتاب الظفر بمقصوده والكتاب بصورته تلك، فقام بترتيبه على الأبواب على وفق الأبواب التي ذكرها المؤلف في كتابه السنن، وقد وصف القاضي منهجه في ترتيب هذا الكتاب بقوله: "هذا كتاب قصرت فيه ترتيب كتاب العلل لأبي عيسى الترمذي

ـ رحمه الله ـ على نسق كتاب الجامع له؛ حتى يسهل فيه طلب الحديث، إذ الأحاديث فيه مفترقة منثورة, فلا يضبطها أبواب تذكر فيها.

فرددت أحاديث كتاب العلل إلى ما يليق بها من كتب الجامع, فجعلت أحاديث الطهارة في كتاب الطهارة, وأحاديث الصلاة في كتاب الصلاة..وهكذا إلى آخر الجامع، إلا أن يكون كتاب لم يكن فيه في كتاب العلل حديث فإني أسقطه، وأدخلت أحاديث هذه الكتب تحت أبوابها التي هي تبويب الترمذي على ما أذكره, وذلك إما بأن يكون الحديث المذكور في العلل مذكورا بعينه في ذلك الباب من كتاب الجامع, وإما بأن ينبه عليه أبو عيسى بأن يقول: وفي الباب عن فلان من الصحابة, ويكون الحديث في العلل مخرجا عن ذلك الصاحب, وإما بأن يكون مطابقا للحديث الذي تضمنه الباب وفي معناه، فعلى هذا النحو جعلت الأحاديث تحت الأبواب, وأسقطت من تراجم الأبواب ما لم يكن في كتاب العلل فيه الحديث كنحو ما فعلت في كتب الجامع.

وقد يجيء في كتاب العلل أحاديث لا يذكرها أبو عيسى في الجامع، ولا يبوب فيه بابا يقتضي أن تجعل فيه, فأفردت لما كان من هذا النوع فصولًا في أواخر الكتب التي تكون تلك الأحاديث منها، ونبهت على أنها ليست في الجامع, ولم أنبه بذلك على ما أدخلته من الأحاديث في الأبواب مما ليس في الجامع إذ يتبين من مطالعة الكتابين ما زاد كتاب العلل على كتاب الجامع وذلك هو الأقل.