وقف أهل العلم في السعودية وعلى رأسهم هيئة كبار العلماء أمام هذه الأباطيل موقفاً قوياً فقد أصدرت هيئة كبار العلماء قراراً عام (1401 هـ) وقد جاء فيه: أنه قد ثبت أن محمد علوي المالكي داعية سوء، ويعمل على نشر الضلال والبدع، وأن كتبه مملوءة بالخرافات والدعوة إلى الشرك والوثنية، وطُلِب منه أن يحضر المذكور لدى سماحة الشيخ عبدالله بن حميد رئيس المجلس الأعلى للقضاء، وسماحة الشيخ عبدالعزيز بن باز الرئيس العام للإفتاء، ومعالي الشيخ سليمان بن عبيد الرئيس العام لشؤون الحرمين لمواجهته بما صدر منه من العبارات الإلحادية والصوفية. وقد حضر المذكور يوم (17/ 10/1400 هـ) ومما جاء فيه: أن الأمور الشركية التي نقلها في كتبه، أنها خطأ فاته التنبيه عليه، فطلب منه الرجوع عن ما في مؤلفاته من فساد، وأن ينشر في الصحف، ويذاع بصوته في الإذاعة والتلفزيون، فإن استجاب لذلك وإلا رفع لولاة الأمر لمنعه من جميع نشاطاته في المسجد الحرام ومن الإذاعة والتلفزيون والصحافة، كما يمنع من السفر إلى الخارج. وقد امتنع، فطبق عليه إلا الفقرة الأخيرة حيث مازال يسافر وينشر ضلاله في العالم كله، ومما يدل على أخذه بما في كتبه من شرك أنه أعاد طبع كتاب الذخائر ولم يغير فيه شيء مما قال أنه خطأ فاته التنبيه عليه، بل وألف كتاباً آخر في الوثنية وهو "شفاء الفؤاد" وألف أيضاً كتاب "مفاهيم يجب أن تصحح"، وكتبه تطبع خارج المملكة وتوزع سراً.

وله مؤلفات كثيرة منها: "الذخائر، شفاء الفؤاد، مفاهيم يجب أن تصحح، شرف الأمة المحمدية، الإنسان الكامل، في رحاب البيت الحرام، وهو بالأفق الأعلى، المدح النبوي بين الغلو والإنصاف، البيان والتعريف في ذكرى المولد النبوي الشريف، تحقيق الآمال فيما ينفع الميت من الأعمال".

وقد رد عليه كثير من العلماء منهم:

1 - صالح آل الشيخ في "هذه مفاهيمنا" رد على كتاب مفاهيم يجب أن تصحح.