وذكر القاضي منهج أبي جعفر في القراءة كالآتي:
1 - يقرأ بالبسملة بين كل سورتين إلا بين الأنفال وبراءة فله الأوجه الثلاثة المعروفة.
2 - يضم ميم الجمع ويصلها بواو إن كان بعدها حرف متحرك همزا كان أم غيره.
3 - يقرأ بإسكان الهاء في يؤده. نوله، ونصله، ونؤته، فألقه.
4 - يقرأ بقصر المنفصل وتوسط المتصل بقدر أربع حركات.
5 - يسهل الهمزة الثانية من الهمزتين المتلاقيتين في كلمة مع إدخال ألف بينهما.
سواء كانت الهمزة مفتوحة أم مكسورة أم مضمومة.
6 - يسهل الهمزة الثانية من الهمزتين المتلاقيتين في كلمتين المتفقتين في الحركة أما المختلفتان فيها فيغير ثانيتهما كما يغيرها نافع وابن كثير وأبو عمرو.
7 - يبدل الهمز الساكن مطلقا سواء كان فاء للكلمة أو عينها أو لامها.
8 - يدغم الذال في التاء في أخذتم وبابه. ويدغم الثاء في التاء في لبثت ولبثتم، والذال في التاء في عذت.
9 - يقرأ بإخفاء النون الساكنة والتنوين عند الخاء والغين مع الغنة نحو من خير من غفور، عليم خبير، عزيز غفور.
10 - يقف على كلمت «أبت» بالهاء حيث وردت.
11 - يفتح ما يفتحه قالون من ياءات الإضافة ويسكن ما يسكنه منها إلا ما استثنى.
12 - يوافق قالون في إثبات بعض الياءات الزائدة وصلا. ويوافق ورشا في إثبات بعضها. وينفرد بإثبات البعض الآخر كما هو مفصل في الكتب.
13 - يقرأ بضم تاء «للملائكة اسجدوا» في جميع المواضع.
14 - يسكت على كل حرف من حروف الهجاء الواقعة في أوائل السور مثل «الم» «كهيعص» سكتة لطيفة من غير تنفس.
15 - يقرأ «ونخرج له يوم القيامة كتابا» بالاسراء بالياء المضمومة في مكان النون المفتوحة، وبفتح الراء.
16 - يقرأ «ولا يتأل أولو الفضل منكم» في النور بتاء مفتوحة بعد الياء وبعد التاء همزة مفتوحة مع فتح اللام وتشديدها.
17 - يقرأ، نسقيكم مما في بطونه في المؤمنين والنحل بتاء مفتوحة مكان النون المضمومة.
18 - يقرأ، ولتصنع على عيني بسكون اللام وجزم العين في ولتصنع.