وبعد هذه الرحلة العلمية المباركة، مرض ابن رشد مرضًا شديدًا ومات ليلة الخميس 9 صفر سنة 595هـ، ونقل جثمانه من(مراكش) إلى قرطبة حسب وصيته حيث المنشأ والأجداد.