وفي نظر "المقتطف" أن الذين شنوا حملة معادية، من التقليديين ورجال دين مسلمين ومسيحيين، هم الذين "يقيّدون طلاب المعارف عن إعمال النظر في المسائل خوفا من أن ينبّه الناس إلى وجوب الحرية في البحث فيضعف امتلاك عقولهم" (مجلد 10، عام 1886).

وفتحت المجلة صفحاتها لسماع آراء القراء ومناظراتهم مهما اختلفت وتعددت اتجاهاتهم، كما فتحت "باب المراسلة والمناظرة"، "ترغيبا في المعارف وإنهاضا للهم وتشحيذا للأذهان"؛ واتَّبعت خطة مع كل المناظرين: "لا تقصد إلا النفع وتقرير الحقائق".