وعرضا فبقي الجيش الفرنساوي بمصر بدون مراكب تحميه من نزول الانكليز والعثمانيين على الثغور او تاتي اليه بالمدد او مجرد الاخبار من فرنسا ونقص عدده إلى خمسة عشر الفا بعد من مات ببر الشام بالطاعون والحرب وظاهر ان هذا العدد غير كاف لحماية السواحل وحفظ طريق الصالحية والمحافظة على الامن في الداخل ولذلك يئس القائد كليبر من حفظ مصر واتفق مع الباب العالي والاميرال سدني سميث في 24 يناير سنة 1800 على ان تنسحب العساكر الفرنساوية بسلاحها ومدافعها وترجع فرنسا على مراكب انكليزية لكن بعد أن ابتدأ الفرنساويون في اخلاء القلاع ارسل الاميرال كيث الانكليزي إلى كليبر يخبره ان الحكومة الانكليزية لم تقبل هذا الاتفاق الا إذا القي الفرنساويون سلاحهم بين ايادي الانكليز فاغتاظ القائد الفرنساوي لذلك وسار لمحاربة الجيش التركي الذي اتى إلى مصر تحت قيادة الوزير يوسف باشا لاستلامها من الفرنساويين فتقابل الجيشان عند المطرية في 23 شوال سنة 1214 20 مارس سنة 1800 وبعد محاربة عنيفة فاز كليبر بالنصر وعاد إلى القاهرة فوجدها في قبضة ابراهيم بيك احد الامراء المصرية وكان دخلها حال اشتغال الفرنساويين بالمحاربة فاطلق القنابل عليها وخرب منها جزءا عظيما واستمر الحرب في شوارعها نحو العشرة ايام مما هو مذكور في تاريخ الجبرتي تفصيلا عن ذكر حوادث الشهر المذكور راجع جزء ثالث صحيفة 90 وما بعدها وبعد ذلك ساد الامن بالقاهرة

وفي 14 يونيه سنة 1800 21 محرم سنة 1215 قتل شخص حلبي اسمه سليمان القائد كليبر في بستان سراي الالفي بالازبكية الموجود محلها الآن فندق شبرد وهرب فبحثوا عليه حتى وجدوه مختفيا ببستان مجاور للبستان الذي حصل فيه القتل فضبطوه وبعد تحقيق طويل قتلوه هو ورفاق له ثلاثة اتهموا معه في القتل وبعد دفن القائد كليبر عين مكانه الجنرال منو وكان قد اعتنق الدين الاسلامي وتسمى عبد الله منو