اصلاح الثغور وبناء القلاع الحصينة لحمايتها ثم انشأ عدة مراكب حربية على شاكلة احدث المراكب الفرنساوية والانكليزية واستحضر عددا عظيما من مهرة المهندسين من السويد وفرنسا لصب المدافع في معامل الطوبخانة العامرة واصلح مدرسة البحرية ومدرسة الطوبجية التي اسسها البارون دي توت المجري وترجم لتلامذتها مؤلفات المعلم فوبان الفرنساوي في فن الاستحكامات واضاف إلى مدرسة الطوبجية مكتبة جمع فيها اهم ما كتب في الفنون الحربية الحديثة والرياضيات لتكون التلامذة على اطلاع تام في كل ما يختص بترقية شأن الطوبجية ثم وضع نظاما للجنود المشاة وشرع في تنسيق فرق جديدة وتدريبها على النظام الاوروبي فأنشأ اول فرقة منتظمة في سنة 1796 وجعل عددها 1600 جندي تحت قيادة ضابط انكليزي دخل في الدين الاسلامي وسمي انكليز مصطفى وكان القصد من ترتيب العساكر النظامية الاستغناء بهم عن جنود الانكشارية الذين صاروا عالة على الدولة ومن عوامل تاخرها بعد أن كانوا اهم عوامل تقدمها وقت الفتوحات المستمرة التي كانوا يعودون منها بكثير من الغنائم حتى اعتادوا النهب وصاروا لما لم يجدوا بلادا مفتتحة حديثا لسلب اهاليها يتعدون على اهالي الاستانة والعواصم الاخرى بالسلب والنهب وغير ذلك فضلا عن عصيانهم المرة بعد الاخرى وعزلهم الصدور والوزراء وتعديهم على السلاطين بالعزل أو القتل لما يرون منهم معارضا لفسادهم أو ضعفا في معاقبتهم

هذا وقد كانت الدولة في اشد الحاجة والافتقار لهذه الاصلاحات الداخلية فإن روابط الولاء بين الولاة والعاصمة كانت ضعفت وسعى كل في الاستقلال أو في عدم دفع الاموال الاميرية إلى الخزنة السلطانية مع نضوبها بسبب الحروب واغتيالهم لانفسهم واستبد المماليك بمصر برئاسة الامراء المصرية واشهرهم مراد بك وابراهيم بك وعثمان بك البرديسي وغيرهم مما هو مذكور تفصيلا في تاريخ الجبرتي